Funkcję Instytucji Zarządzającej (IZ) pełni Ministerstwo Funduszy i Polityki Regionalnej Rzeczypospolitej Polskiej. IZ powoływana jest zgodnie z art. 21 ust 1 Rozporządzenia UE nr 1299/2013 oraz 123 ust 1 Rozporządzenia UE nr 1303/2013. IZ wykonuje wszystkie zadania wynikające z art. 125 Rozporządzenia (UE) nr 1303/2013 Ponadto IZ wykonuje funkcję Instytucji Certyfikującej zgodnie z art. 21 ust. 1. Rozporządzenia UE nr 1299/2013 oraz art. 123 ust. 3 Rozporządzenia (UE) nr 1303/2013 W tym zakresie IZ realizuje zadania określone w art. 126 Rozporządzenia (UE) nr 1303/2013. Struktura organizacyjna IZ, kwestia podległości służbowej, zakres uprawnień do podpisywania dokumentów, a także zakres zadań zostaną określone w regulacjach wewnętrznych IZ.

Więcej informacji na ten temat znajduje się w Programie (pkt 5.3.3) oraz Podręczniku Programu (Rozdział I.8)