Funkcję Instytucji Krajowej (IK) pełni Saksońskie Ministerstwo Rozwoju Regionalnego. Instytucja Krajowa jest dla Instytucji Zarządzającej partnerem we wszystkich kwestiach wdrażania Programu w niemieckiej części obszaru wsparcia, pełni zadania koordynujące i uzgodnieniowe w partnerskiej współpracy z IZ oraz wspiera ją w realizacji Programu po niemieckiej stronie.

Więcej informacji na ten temat znajduje się w Programie (pkt 5.3.1) oraz Podręczniku Programu (Rozdział I.8).