Instytucja Audytowa (IA) powoływana jest w oparciu o art. 21 ust 1 Rozporządzenia UE nr 1299/2013 i realizuje zadania określone w art. 127 Rozporządzenia UE nr 1303/2013. Organem pełniącym rolę Instytucji Audytowej (IA) jest Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej (GIKS) w Ministerstwie Finansów RP. Funkcję GIKS pełni sekretarz lub podsekretarz stanu w Ministerstwie Finansów. IA jest niezależna od Instytucji Zarządzającej (pełniącej również funkcję Instytucji Certyfikującej). IA ma wyłączną odpowiedzialność za planowanie i wybór projektów (operacji) objętych audytem, a także za uzgodnienie sposobu prowadzenia czynności audytowych oraz sprawozdawania z podjętych ustaleń i wydanych zaleceń/rekomendacji. Instytucja Audytowa będzie wspierana przez Grupę Audytorów składającą się z przedstawicieli każdego z uczestniczących państw.

Więcej informacji na ten temat znajduje się w Programie (pkt 5.3.7) oraz Podręczniku Programu (Rozdział I.8).